Η συντριπτική πλειονότητα των αλλεργιογόνων εισέρχεται στον οργανισμό μέσω του αναπνευστικού ή του πεπτικού συστήματος. Πολλά υπάρχουν στον αέρα που αναπνέουμε (περιβαλλοντικές εκθέσεις), ενώ μεγάλο μέρος αποτελούν τροφές ή συστατικά τροφών. Υπάρχουν και άλλα είδη αλλεργιογόνων που εισέρχονται στον οργανισμό μέσω δήγματος (δηλητήρια). Κάποια φάρμακα έχουν επίσης αλλεργιογόνες ιδιότητες.

Υπάρχουν αλλεργιογόνα που προκαλούν αντίδραση λόγω της απευθείας επαφής τους με το δέρμα. Οι ουσίες αυτές (μέταλλα, καουτσούκ, βαφές) δεν είναι αμιγώς αλλεργιογόνα αλλά προκαλούν αλλεργία (εξ επαφής δερματίτιδα) λόγω ενός μηχανισμού που δεν περιλαμβάνει την παραγωγή αντισωμάτων IgE.