Τα βακτήρια είναι μικροοργανισμοί που βρίσκονται παντού και σε μεγάλες ποσότητες στη φύση. Μπορεί να είναι παθογόνα και να προκαλούν παθήσεις όταν εισέρχονται στον οργανισμό. Η ιδιότητά τους να προκαλούν λοιμώξεις και σχετικές παθήσεις εξαρτάται από τον τύπο των βακτηρίων και από το πού αυτά βρίσκονται, αλλά και από την ανθεκτικότητα (ανοσία) του προσβαλλόμενου ατόμου. Συνήθεις λοιμώδεις ασθένειες, όπως αυτές που επηρεάζουν τους αεραγωγούς, τα ιγμόρεια και τα αυτιά, προκαλούνται από παθογόνα βακτήρια που συνήθως βρίσκονται στο φάρυγγα ή τη μύτη. Όταν το ανοσοποιητικό μας σύστημα είναι εξασθενημένο, για παράδειγμα λόγω μίας ίωσης (κοινό κρυολόγημα ή γρίπη), τα βακτήρια μπορούν να προσβάλλουν τον περιβάλλοντα ιστό και να προκαλέσουν ρινίτιδα, ωτίτιδα, ιγμορίτιδα, φαρυγγίτιδα, βρογχίτιδα και πνευμονία. Τα βακτήρια είναι επίσης η συνηθέστερη αιτία λοίμωξης του ουροποιητικού συστήματος, προκαλώντας κυστίτιδα, προστατίτιδα και πυελονεφρίτιδα.

Υπάρχει τεράστια ποικιλία στα είδη των βακτηρίων, τα οποία ομαδοποιούνται σε οικογένειες, γένη και στελέχη.

Βακτηριακά εμβόλια: τα εμβόλια αυτά στοχεύουν έναντι των παθογόνων βακτηρίων που προκαλούν λοιμώξεις. Παρασκευάζονται από ολόκληρα νεκρά/ανενεργά βακτήρια, π.χ. το εμβόλιο κατά της χολέρας, ή από ζωντανά ανενεργά βακτήρια, π.χ. το εμβόλιο κατά της φυματίωσης. Σε άλλες περιπτώσεις, τα εμβόλια παρασκευάζονται με ένα στέλεχος του βακτηρίου, π.χ. το πολυσακχαριδικό πνευμονιοκοκκικό εμβόλιο ή με την τοξίνη που παράγεται από το βακτήριο, π.χ. το αντιτετανικό εμβόλιο.

Βακτηριακή ανοσοθεραπεία: το ανοσοποιητικό σύστημα διαθέτει την εγγενή ιδιότητα να αναγνωρίζει σε μοριακό επίπεδο τη δράση των πιο συνηθισμένων μικροοργανισμών, περιλαμβανομένων των βακτηρίων. Για το λόγο αυτό, τα κύτταρα της φυσικής ανοσίας του οργανισμού διαθέτουν αισθητήρες που εντοπίζουν την παρουσία των βακτηρίων και ενεργοποιούνται. Η βακτηριακή ανοσοθεραπεία εκμεταλλεύεται αυτό το χαρακτηριστικό για να ενισχύσει την ανοσοποιητική απόκριση κατά μη ειδικό τρόπο και αποτελεί τη βάση της καλούμενης ετερόλογης ανοσίας. Αυτού του είδους η ανοσία επιτρέπει την ανοσοποίηση με συγκεκριμένα βακτήρια προκειμένου να αποκτηθεί ανθεκτικότητα έναντι άλλων, ακόμη και μη-σχετιζόμενων, παθογόνων παραγόντων, π.χ. ιών.