Τα βακτηριακά εμβόλια παρασκευάζονται με σκοπό την ενίσχυση της ανοσίας στα ίδια τα βακτήρια ή τις τοξίνες τους.

Το πρώτο είδος (κατά των βακτηρίων) μειώνει τη λοιμωξιογόνο τους ικανότητα αυξάνοντας την ανθεκτικότητα του οργανισμού.

Το δεύτερο είδος εξουδετερώνει τις τοξίνες που θα μπορούσαν ενδεχομένως να παραχθούν (π.χ. το αντιτετανικό εμβόλιο).

Τα βακτηριακά εμβόλια μπορούν να είναι εξαιρετικά εξειδικευμένα καθώς παρασκευάζονται με σκοπό να στοχεύουν έναντι ενός και μόνο βακτηριακού είδους, χρησιμοποιώντας για την παρασκευή τους καθαρά δομικά συστατικά ενός μόνο τύπου βακτηρίων (για παράδειγμα το πολυσακχαριδικό εμβόλιο για τον αιμόφιλο τύπου Β). Επιπλέον, τα εμβόλια μπορεί να είναι πολυδύναμα, αποτελούμενα από διαφορετικές δομές διαφορετικών βακτηρίων.

Πολυδύναμα Βακτηριακά Εμβόλια (Multivalent Bacterial Vaccines – MBV)

Τα πολυδύναμα βακτηριακά εμβόλια είναι λιγότερο επιλεκτικά αλλά διαθέτουν μεγαλύτερο εύρος δράσης. Περιλαμβάνουν ολόκληρα αδρανοποιημένα βακτήρια ή τμήματα αυτών. Τα εμβόλια που παρασκευάζονται από ολόκληρα βακτήρια περιλαμβάνουν αντιγονικές δομές (αντιγόνο = το στοιχείο που προκαλεί την ανοσία), κοινές για πολλά βακτηριακά είδη (για παράδειγμα, κυτταρικό τοίχωμα, εσωτερική και εξωτερική μεμβράνη, ενδοκυτταρικά οργανίδια). Η ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος που επιτυγχάνεται μέσω των συγκεκριμένων δομών είναι ισχυρότερη από τη συνήθη απόκριση του οργανισμού, λόγω της ισχυρής ιδιότητας των ουσιών αυτών να ενεργοποιούν τη φυσική ή εγγενή ανοσία. Επομένως, τα πολυδύναμα βακτηριακά εμβόλια επιφέρουν μια διεγερτική επίδραση στο ανοσοποιητικό σύστημα καθώς, επιπροσθέτως της δημιουργίας ειδικής απόκρισης έναντι των συστατικών του εμβολίου, αυξάνουν την ανθεκτικότητα σε λοιμώξεις που προκαλούνται από άλλους μικροοργανισμούς οι οποίοι δεν περιλαμβάνονται στο εμβόλιο.