Προληπτικά εμβόλια: είναι τα συνηθισμένα εμβόλια κατά των λοιμώξεων, όπως αυτά που χορηγούνται στα παιδιά. Σκοπός τους είναι να προστατεύουν από λοιμώξεις που μπορεί να προκληθούν από τους παθογόνους παράγοντες έναντι των οποίων δρα το εμβόλιο. Η ενισχυμένη άμυνα που δημιουργείται μετά τον εμβολιασμό παραμένει ισχυρή για μεγάλη χρονική περίοδο, εφόσον δεν πραγματοποιείται κάποια αλλαγή στους λοιμώδεις παράγοντες. Ωστόσο, μερικές φορές αλλάζουν τη δομή τους (μεταλλάσσονται), γεγονός που απαιτεί συμπληρωματικούς εμβολιασμούς προκειμένου να εξασφαλιστεί επαρκής προστασία, όπως στην περίπτωση του εμβολίου κατά του πυρετού.

Θεραπευτικά εμβόλια: αυτού του είδους τα εμβόλια έχουν σχεδιαστεί με σκοπό τη θεραπεία ασθενών που πάσχουν από μία πάθηση η οποία είναι ιδιαιτέρως ευαίσθητη στη δράση του εμβολίου. Τα εμβόλια αυτά προκαλούν μία ανοσοποιητική απόκριση η οποία δεν μπορεί να επέλθει με διαφορετικό τρόπο. Στις περιπτώσεις αυτές, ο εμβολιασμός μπορεί να έχει θετικό αντίκτυπο στην απόκριση που συνήθως εκδηλώνουν οι ασθενείς και η οποία, χωρίς εμβολιασμό, θα μπορούσε να είναι αρνητική για αυτούς (για παράδειγμα, μία αλλεργική αντίδραση).