A rinite, tanto de causa alérgica como infeciosa, é um processo inflamatório da mucosa nasal, com a acumulação de células inflamatórias no muco.

Na rinite alérgica há eosinófilos (e basófilos) que se acumulam no muco e produzem substâncias que agem como mediadoras da inflamação. Estes mediadores atacam as células que cobrem a mucosa (epitélio nasal), aumentando a inflamação e os sintomas.
A irrigação nasal tem um efeito anti-inflamatório ao eliminar da superfície da mucosa os mediadores e as células inflamatórias que os produzem. Esta ação é complementar à dos fármacos anti-inflamatórios em spray nasal (corticoides tópicos), uma vez que estes dificultam o aparecimento das células inflamatórias, enquanto a irrigação elimina as que conseguem aparecer. Além disso, ao eliminar secreções melhora-se a ação do fármaco sobre a mucosa, pelo que se recomenda a irrigação antes da aplicação destes fármacos.