Las bacterias son microorganismos ampliamente distribuidos en la naturaleza. Pueden ser patogénicas y producir enfermedad cuando penetran en el organismo. Su capacidad de infección y patología asociada depende del tipo de bacteria y localización, y también, de la capacidad de resistencia (inmunidad) del individuo. Enfermedades infecciosas frecuentes,  como por ejemplo las que afectan a las vías respiratorias, senos u oídos, están causadas por bacterias patógenas que pueden estar presentes normalmente en la faringe o nariz. En situaciones en las que los mecanismos de defensa se debilitan, por ejemplo por una infección viral (resfriado común o gripe), las bacterias pueden infectar los tejidos circundantes produciendo rinitis, otitis, sinusitis, faringitis, bronquitis y neumonías. Las bacterias son también causa común de infecciones del tracto urinario, produciendo cistitis, prostatitis y pielonefritis.

Existe una enorme diversidad de especies bacterianas, agrupadas por familias, géneros y cepas distintas.

Vacunas bacterianas. Existen vacunas frente a muchas infecciones bacterianas. Estas vacunas están dirigidas frente a la bacteria patogénica causante de la infección. Pueden ser de bacterias enteras muertas/inactivadas, ej.,  vacuna contra el cólera,  o de bacterias vivas atenuadas, p. ej., vacuna BCG antituberculosa.  Otras veces las vacunas se hacen con una fracción de la bacteria, p. ej., polisacáridos de neumococo, o de la toxina que la bacteria produce, p. ej., vacuna antitetánica.

Inmunoterapia bacteriana. El sistema inmunológico tiene una capacidad innata de reconocer patrones moleculares que se presentan en los microorganismos más frecuentes, incluidas las bacterias. Para ello las células de la inmunidad innata tienen sensores que detectan su presencia y se activan. La inmunoterapia bacteriana explota este hecho para potenciar la respuesta inmunológica de forma inespecífica, y es la base de lo que se conoce como inmunidad heteróloga. Esta inmunidad permite que con la inmunización con ciertas bacterias se adquiera resistencia frente a otras, e incluso frente a patógenos no relacionados, p. ej., virus.