Son microorganismos ampliamente distribuidos en la naturaleza. Pueden ser patogénicas y producir enfermedad cuando penetran en el organismo. Su capacidad de infección y patología asociada depende del tipo de bacteria y localización, y también, de la capacidad de resistencia (inmunidad) del individuo. Enfermedades infecciosas frecuentes,  como por ejemplo las que afectan a las vías respiratorias, senos u oidos, están causadas por bacterias patógenas que pueden estar presentes normalmente en la faringe o nariz. En situaciones en las que los mecanismos de defensa se debilitan, por ejemplo por una infección viral (resfriado común o gripe), las bacterias pueden infectar los tejidos circundantes produciendo rinitis, otitis, sinusitis, faringitis, bronquitis y neumonías.

Existe una enorme diversidad de especies bacterianas, agrupadas por familias, géneros y cepas distintas.